OIXCLOUD RESEARCH NOTES
表达数据、标准化与跨区域协作
文章从具体实验条件出发，区分数据事实、处理机制和可以成立的结论。
数据标准化
不同实验室的表达矩阵为什么不能直接拼在一起
文件列数相同并不代表测量条件相同。平台、样本处理、背景校正和批次结构都会进入最终数值。
组织表达组织表达参考谱怎样帮助解释一项新实验
参考谱不是标准答案，而是将新样本放回组织背景、测量平台与人群条件中的比较坐标。
发育数据发育阶段数据需要的不是更多时间点，而是共同时间轴
阶段名称、真实年龄和形态事件并不总是一一对应，跨研究整合必须先解决时间语义。
时间序列冷胁迫实验为什么容易把昼夜节律当成处理效果
采样时间与温度处理同时变化时，表达差异可能来自生物钟，而不是冷刺激本身。
公共数据GEO与ArrayExpress数据进入项目之前，需要先经过哪几层检查
公开不代表可以直接合并；样本注释、平台文件、重复记录和处理历史都要重新核对。
AI与数据AI可以发现表达数据中的批次结构，但不能替研究者决定删掉什么
降维和异常检测能显示结构，批次是否应被校正仍取决于实验设计与生物问题。
客户端更换设备时，OixCloud项目应先迁移数据还是先迁移上下文
先恢复项目身份、版本和数据字典，再连接大体积矩阵，能减少重复上传与版本混淆。