组织与疾病
DATA JOURNEY
一份表达矩阵成为参考资料之前
- 公开实验
确认研究设计、平台和样本范围。
- 人工注释
用组织、阶段、扰动与基因型描述样本。
- 质量检查
识别异常阵列、重复记录与缺失背景。
- 统一处理
在明确平台条件下完成标准化与缩放。
- 参考表达谱
按可比较类别汇总，并保留适用边界。
FOUR EXPRESSION VIEWS
同一基因，在不同问题里有不同坐标
组织
脑、血液、肌肉、肝脏与其他组织形成空间背景。
发育
胚胎、幼体、成熟与衰老需要共同阶段定义。
扰动
疾病、化学物、激素和基因型改变表达状态。
时间
昼夜节律、细胞周期和应激反应具有相位。
REFERENCE ORGANISMS
六种生物，六种数据背景
器官与发育
阶段变化
节律与胁迫
作物表达
细胞周期
OIXCLOUD CLIENT
客户端连接的是项目上下文，不只是文件
核对系统、发布来源与项目权限。
让矩阵、字典和版本记录保持对应。
比较大小、摘要与接收端状态。
保留用途、责任角色与回退版本。
RESEARCH NOTES
从一个实验条件进入完整问题
数据标准化
查看全部文章不同实验室的表达矩阵为什么不能直接拼在一起
文件列数相同并不代表测量条件相同。平台、样本处理、背景校正和批次结构都会进入最终数值。
组织表达组织表达参考谱怎样帮助解释一项新实验
参考谱不是标准答案，而是将新样本放回组织背景、测量平台与人群条件中的比较坐标。
发育数据发育阶段数据需要的不是更多时间点，而是共同时间轴
阶段名称、真实年龄和形态事件并不总是一一对应，跨研究整合必须先解决时间语义。
时间序列冷胁迫实验为什么容易把昼夜节律当成处理效果
采样时间与温度处理同时变化时，表达差异可能来自生物钟，而不是冷刺激本身。
公共数据GEO与ArrayExpress数据进入项目之前，需要先经过哪几层检查
公开不代表可以直接合并；样本注释、平台文件、重复记录和处理历史都要重新核对。